Предложение не вполне ясно. Возможно, имеется в виду: Назначение препаратов, имеющих более дешевые, но равные по эффективности аналоги.
Следует писать раздельно: ...не используемые по назначению.
Увы, подобрать более удачный перевод для слова challenge довольно трудно. А приведенный Вами заголовок, действительно, плох своею двусмысленностью. Здесь слово вызов можно было бы заменить синонимом испытание.
Ошибок в окончаниях фамилий нет (не склонять фамилию Кригер правильно, если это женщина, если же Кригер – мужчина, верно: библиотекаря Кригера).
В названии приказа должно быть: О создании ППЭ и назначении...
Обратите внимание: слово заведующий управляет творительным падежом. Правильно: зав. отделением.
Смысловая разница незначительная: антибактериальные салфетки - предназначенные для борьбы с бактериями; салфетки с антибактериальным эффектом - имеющие, возможно, дополнительный эффект в виде борьбы с бактериями (т. е. это не их основное назначение).